با وجود مزایای فراوان، پرداخت‌های الکترونیک با چالش‌های امنیتی مهمی نیز مواجه هستند. یکی از بزرگ‌ترین تهدیدات، هک و کلاهبرداری است. هکرها می‌توانند به اطلاعات مالی کاربران دسترسی پیدا کنند و از آن‌ها سوءاستفاده کنند.

علاوه بر این، فیشینگ یکی دیگر از روش‌های رایج کلاهبرداری است که در آن مجرمان سعی می‌کنند کاربران را فریب دهند تا اطلاعات شخصی خود را فاش کنند. همچنین، عدم رعایت استانداردهای امنیتی توسط برخی از کسب‌وکارها می‌تواند منجر به نشت داده‌ها شود. بنابراین، ضروری است که کاربران و کسب‌وکارها اقدامات امنیتی لازم را برای حفاظت از اطلاعات مالی خود انجام دهند.